農田水利署石門管理處組織架構圖由上至下分別為：
處長1人、副處長1人及主任工程師1人，並設置總務組、財務組、管理組、工務組、主計室、人力資源室、輔導室及資訊室，其中總務組下設文書股與事務股；財務組下設企劃股、徵收股與財產股；管理組下設灌溉股、督導股與水質股；工務組下設設計股與工務股。另設置所屬工作站包含幹線工作站、八德工作站、中壢工作站、過嶺工作站、楊梅工作站、富岡工作站及湖口工作站。
本處工務組分設計、工務二股，辦理水利設施之更新改善，災害搶修及工程之規劃、測量、設計、招標、考工、工事、驗收等事項。
本處為落實三級品管作業、職業安全衛生管理、確保施工品質及預防工程缺失等，由主任工程師擔任召集人，成立5人改善工程施工督導小組，不定時派員查驗各項施工工程及督導工作，確保工程施工品質。
基於講求品質及追求效率的管控原則，每年積極辦理水利設施更新改善工程事項。
本處為有效維持生態平衡，美化環境，提昇水利設施周邊民眾生活品質，積極推展灌區渠道及池塘綠美化工程，將老舊、損毀，引嚮灌溉效益之渠堤、池堤及周邊環境整修，並廣植花木，施設人行步道、簡易涼亭等遊憩設施，除有效調解農民灌概用水，附近民眾也能享有休閒散步空間。
- 農業用水權登記與展限及水權狀之保管。
- 灌溉用水計畫及分配運用調節與管理事項。
- 灌溉排水系統之規劃及灌溉排水秩序執行與管理事項。
- 灌溉冊籍報表之擬定與灌溉調查異動登記督導。
- 灌溉技術之實驗、研究、編報之指導與技術改良宣導。
- 用水實績，埤圳淤漏消失水量及排水機能觀測統計。
- 農田水利系統調整、計畫事項。
- 灌溉區域內土地改良及農業技術改進之研議與執行事項。
- 灌溉抽水營運執行管理。
- 分水、量水、制水、排水等設備計畫與管理指導事項。
- 救旱緊急措施、非常灌溉之計畫準備與執行事項。
- 灌溉成本計算及餘水與建造物使用費徵收標準之擬議事項。
- 氣象、水文地質之觀測研究報告推行與統計分析事項。
- 灌區內現有水利用地之分割、報廢、鑑界事項。
- 農作物生產資料調查、統計及配合政府推行農業生產事項。
- 會員會籍管理與事業效果、資料之統計報告事項。
- 政府農田水利政策及管理法令之宣導推行與成果考查。
- 工作站及基層組織業務推行督導。
- 灌溉區域有關圖表之整理、統計、分析、保管。
- 各工作站重大水利糾紛處理及違反管理法令處罰之擬議事項。
- 基層組織之設置及教育計劃之推行督導。
- 各種水利建造物之妨害、糾紛處理事項。
- 水利用地之管理及鑑界事項。
- 轄區內灌溉水質檢驗分析作業。
- 水利建造物搭排管理業務。
- 各項灌溉水質監視管理及「水質管理業務作業系統」資料之建置、更新作業。
- 轄區內水污染及農地污染事件調查、追蹤及通報作業。
- 辦理高污染潛勢圳路管理及配合環保署制定之「底泥申報備查作業辦法」之各項應辦業務。
- 辦理水質自動監測系統之設立及維護等相關業務。
- 轄區內水污染之防止及取締告發處理並配合協助縣(市)政府、環保局查察取締計畫施行。
- 其他涉及水質或相關專案計畫業務推動。
總務組下設文書股及事務股，文書股主要業務文書處理、會議處理、法令規章之處理、農田水利事務諮議會委員會議等事項；事務股主要業務財物、勞務採購招標作業、固定資產管理及物品管理、辦公處所管理、車輛管理、出納業務及其他事項。
- 辦理總收文作業及公文判分處理。
- 辦理公文書繕製校對、發文作業、文書用印及公文封發郵寄。
- 辦理公文書影像掃描、公文點收立案編目保管調閱、檔案設施維護管理。
- 檔案庫房空間整理改善、紙本檔案入庫保管、檔案移轉。
- 辦理公文進度稽催及檔案銷毀。
- 辦理主管會報、擴大會報及水利諮議會委員等相關業務。
- 彙整年度工作計畫、業務督導資料及本處(影音)簡介彙辦、印製。
- 辦理灌區文化業務推展及樂活健行活動。
- 財物、勞務採購招標作業(除工程、土地、房屋建築外)。
- 固定資產管理及物品管理。
- 辦公處所管理。
- 車輛管理。
- 出納業務。
- 來賓接待事項協辦、各機關、社團補助費之聯繫事項。
- 其他業務。
（一）編製年度工作計畫、彙編收入預算及財源經費收支分析等事項。
（二）各項國庫機關專戶帳戶調度。
（三）各項定期存款單異動整理、定存利息、活存利息收入。
（四）各項規費開單、減徵及收入作業。
（五）政府補助款、工程補助款及業務補助款等請款事宜。
（六）各項收支表報編製。
（七）灌溉蓄水池繳納用水使用費同意書訂(續)約事宜。
（八）灌溉蓄水池用水使用公開招租事宜。
（九）太陽光電推動建置。
（一）財務計劃之擬定。
（二）不動產之登記、賦稅、折舊、目錄編造及地籍管理事項。
（三）非事業用不動產出租、活化收益等事項。
（四）不動產契約憑證之保管。
（五）農田水利設施範圍內用地之購置。
（六）非事業用不動產之處分事宜。
（七）政府協議價購、征收、撥用土地、撤銷徵收及原水利設施使用國有土地辦理管變異動等相關業務。
（八）土地參加區段徵收、重測、重劃後之分配事項。
（九）非事業用不動產被占用及產權等糾紛處理。
（十）土地鑑界、分割及使用地類別變更編定。
（十一）原龍潭高低揚灌區水利用地申請報廢事項。
（十二）原農田水利會溜池解除灌溉限制准予自行開墾證明之補核發。
（十三）其他有關不動產事項。
（一）非事業用地活化收益業務方針之擬定、規劃及執行事項。
（二）非事業用地委託經營或可開發事業之規劃與評估事項。
（三）辦理非事業用土地自行開發、以合建或設定地上權方式共同開發、結合其他目的事業主管機關政策共同開發事項。
（四）辦理非事業用土地開發完成後建物之招租及管理事項。
（五）其他有關非事業用土地開發業務事項。
本室工作旨在因應本處業務發展、維持之需要並兼顧政府促進農田水利事業發展之目的，根據相關法令規定，籌編本處概算、預算、辦理分配預算、經費支用會簽、執行內部審核、會計與決算報表之編報及辦理統計等業務。
依在法令規範下，依本處業務發展目標及運營需求，辦理年度概算、預算之籌編及擬報，收支內部控制與審核，會計帳務之處理等業務，著重溝通與協調，期使有限資源合理分配並產生最大效益，協同完成目標。主要業務分下列三大項：
係指預算業務，本處預算的編制以預算法為主要依據，輔以其他行政命令規章辦理。著重於規劃、溝通、協調與控制功能，透過預算合理的規劃與落實執行，使本處有限之資源做合法及妥適的運用，期使各項業務及計畫能有效率推行。
會計業務係以法定預算為執行依據，以會計法為主輔以其它規章，審核各項會計收支事項，對財務活動予以記錄、分類、彙總、公告，保持財務記錄之完整性並予以分析解釋，終由會計報告了解本處作業基金附屬單位預算執行之績效並增加管理效能。
統計為行政管理重要工具，為科學管理的基礎。本室的統計業務並未設置專職統計人員，其業務係由會計人員兼辦。依據農田水利署規定，由各項業務負責人員蒐集相關統計資料，定期編報各式統計報表，以提供政府各項農田水利發展策略之參考。
- 石門管理處人員任免核薪之依據，以農田水利事業人員人事管理辦法之規定為主，如該規則未規定或規定不周延時，再參照公務人員人事管理法令規定辦理。
- 任免核薪為人事管理主要工作，經由任免程序甄試本機關所需用之適合人才，同時，也使新進人員了解本機關之特性及工作性質，如機關能夠甄選出其所需、所適合之人才，則對提昇該機關工作能力有相當的助益。
- 員工遷調視各單位實際業務需要，機動調配人事，力求工作效益，做到適才適用發揮組織功能。
- 辦理升遷考核，主要依據學歷、訓練、進修、年資、研究及考核獎懲配合運用，並依資績及品德因素，訂定標準，拔擢人才，均依升遷考核作業，擬予升任。
- 督促員工嚴守工作崗位，經常派人員至各組、室、工作站查勤，作成紀錄，並每半年辦理平時考核，以作為年終考核依據。
- 為提昇員工素質，增進服務品質，每年由行政院農業委員會農田水利署舉行在職訓練外，本處亦自行辦理員工訓練，做工務、管理、行政等三類人員調訓工程設計、工程施工品質控制檢驗、灌溉管理、主計、財務、人事等業務及會務電腦化推動研習等班別，培育人才訓練，成效十分良好。
- 為照顧退休人員之福利，每年適時發放退休人員三節慰問金及每月寄發農田水利雜誌。
- 本處每年辦理2次命令退休人員分別於1月16日及7月16日生效，至目前為止退休人員共有50餘人。
- 召開廉政會報
- 監辦開標作業
- 防護團逃生演練
- 消防安全檢查
- 公務機密檢查
- 監辦文件消毀作業
資訊室負責全會資訊業務的發展，包含負責各組室工作站之電腦及業務系統維護、電腦教育訓練、網路安全與網路管理業務，提升全會資訊素質。從網路系統架構及地理資訊系統應用，可以了解會內資訊科技化的努力成果。如引進指紋辨識系統打卡、建置電子公文系統，相當便捷有效率；更新GIS系統輔助灌溉，配合管理組建置水文資料。另外，108年資訊室購入UAV(無人飛行載具)，可結合GIS系統自行建立圖資，不必再委外進行圖資處理，可針對局部地點建立圖資、及時處理案件，且進行內部教育訓練，同仁可快速上手，進一步提升服務能力，讓科技從各個層面溶入會內。
地理資訊系統(Geographic Information System 簡稱 GIS)乃是結合各種具有空間分佈特性之地理資料庫，主要功能在整合各種相關之空間資料，如交通、人文、灌溉系統、土地利用、土壤、雨量、地質、地形及水資源等，經由處理及分析後，供評估決策分析。簡言之，凡有關地理空間上的資訊所建立之系統稱為GIS，其過程及功能為一套收集資訊-建檔-查尋-展示-分析-輸出之資訊系統。
地理資訊系統(Geographic Information System 簡稱 GIS)乃是結合各種具有空間分佈特性之地理資料庫，主要功能在整合各種相關之空間資料，如交通、人文、灌溉系統、土地利用、土壤、雨量、地質、地形及水資源等，經由處理及分析後，供評估決策分析。簡言之，凡有關地理空間上的資訊所建立之系統稱為GIS，其過程及功能為一套收集資訊-建檔-查尋-展示-分析-輸出之資訊系統。
主要功能包括：
- 空間資料查詢：包括地籍資料及處有土地查詢。
- 統計資訊：包括地籍資料、處有土地、灌溉渠道、排水渠道及水工構造物詢等。
- 灌溉管理：包括輪區行政區調整、渠道沿用公私有地等。
- 成果圖：包括輪區圖、處有地分佈圖、灌溉渠道分佈圖、排水渠道分佈圖、水工構造物分佈圖及地段別地籍圖等。
GIS的應用範圍十分廣泛。石門管理處鑑於地籍資料為管理處灌溉管理之基本資料，必需詳加調查，進行電腦資訊化灌溉普查。應用地理資訊系統（GIS）整合灌溉管理地理資料庫，同時以ESRI Arc GIS軟體，開發之網際網路灌溉管理應用系統。